MALDI meets genomics.
MabritecCentral est la plus grande base de données MALDI-TOF-MS en ligne pour l’identification des bactéries sur la base de données WGS. Contrairement à d’autres bases de données et solutions logicielles commerciales, la classification de mabritecCentral est basée sur la reconnaissance de « masses de marqueurs » et non sur une approche de « reconnaissance de formes ».
En bref, elle combine la génomique et les analyses MALDI-TOF : des masses de marqueurs sont prédites in silico à partir de données génomiques globales accessibles au public et validées par MALDI-TOF MS. Ces données publiques sont soumises à un contrôle de qualité et la classification taxonomique est curée.
Depuis 2010, l’introduction à grande échelle du séquençage du génome complet (NGS) et la disponibilité croissante de séquences complètes de génomes bactériens ont entraîné une révolution dans le domaine de la microbiologie. De nombreuses nouvelles espèces ont été décrites et des espèces existantes ont été renommées.
Cette tendance se poursuit et nous gagnons constamment une compréhension plus approfondie de la virulence, de la résistance et du mode de vie bactériens. Fascinés par ces développements et ces nouvelles découvertes, nous avons cherché des moyens de combiner les connaissances NGS/WGS avec la technologie MALDI-TOF MS.
En 2012, nous avons introduit un changement de paradigme dans la création de bases de données de référence MALDI-TOF MS. Au lieu de spectres de référence bactériens, nous avons commencé à créer des bases de données avec des masses protéiques de référence calculées par insilico, notamment pour les protéines ribosomales. Ce passage d’une approche de « reconnaissance de formes » à une identification « basée sur des marqueurs » nous a permis de surmonter plusieurs limites inhérentes à l’identification de routine par MALDI-TOF MS.
Outre l’augmentation constante de la couverture des espèces, plusieurs aspects spécifiques à la MALDI-TOF MS, tels que l’interprétation de la « qualité du spectre » et de la « calibration », ont été fondamentalement affinés. La distinction entre espèces proches a également été améliorée grâce à notre algorithme basé sur des marqueurs.
Pour la première fois, l’utilisation de protéines ribosomales nous permet d’interpréter les spectres MALDI-TOF MS dans un sens phylogénétique directement comparable aux données NGS/WGS. Nous sommes donc convaincus que le MALDI-TOF MS, grâce à sa vitesse et à sa grande capacité de débit, peut servir de pré-screening ou de méthode complémentaire à l’analyse NGS/WGS.
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