Élargir le champ de la détection des agents pathogènes d'origine alimentaire : une approche génomique

Détecter les agents pathogènes dans les aliments avant qu’ils ne causent des dommages – que ce soit pour la santé humaine ou pour la réputation du fabricant – est un problème permanent que l’industrie cherche à résoudre.
La détection des pathogènes dans les aliments avant qu’ils ne causent des dommages – que ce soit à la santé humaine ou à la réputation du fabricant – est un problème permanent que l’industrie cherche à résoudre. Valentin
Pflüger et Olaf Degen expliquent comment une nouvelle base de données de Mabritec (MabritecCentral), basée sur la technologie Bruker, apporte une solution qui change la donne.
de Bruker, apporte une solution qui change la donne.

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Défis diagnostiques au sein du groupe Bacillus cereus

Le groupe Bacillus cereus (B. cereus sensu lato) comprend des espèces communes, généralement avirulentes, souvent considérées comme des contaminants des échantillons de patients dans les diagnostics microbiologiques de routine, ainsi que le très virulent B. anthracis. Nous décrivons ici 16 isolats provenant de 15 patients, identifiés comme appartenant au groupe B. cereus à l’aide d’une base de données standard MALDI-TOF MS. L’analyse par séquençage du génome entier (WGS) a permis d’identifier cinq des isolats comme des espèces de B. anthracis ne portant pas les plasmides de virulence typiques pXO1 et pXO2, quatre isolats comme B. paranthracis, trois comme B. cereus sensu stricto, deux comme B thuringiensis, un comme B. mobilis, et un isolat représente une espèce de Bacillus non définie auparavant (B. basilensis sp. nov.). Une analyse plus détaillée utilisant d’autres bases de données MALDI-TOF MS, un phénotypage biochimique et des PCR de diagnostic a donné d’autres résultats contradictoires sur les espèces. Ces cas mettent en évidence les difficultés d’identification de B. anthracis avirulent au sein du groupe B. cereus à l’aide de méthodes standard. Le WGS et les bases de données alternatives de MALDI-TOF MS offrent une identification plus précise des espèces, mais ne sont pas encore appliqués de manière routinière. Nous discutons de la résolution diagnostique et des divergences des différentes méthodes d’identification.

 

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